模块化洁净室的核心功能就是对空气进行净化，来达到一定的洁净等级，它有以下几种净化形式：

首先，是模块化洁净室内的整体净化，可以分为层流（单向流）或乱流（非单向流）的送风模式。其中层流指的是空气均速的从一侧流向另一侧，像一个活塞一样，将灰尘平推出室外。在模块化洁净室中一般是空气从上到下，所以顶部是风机滤网机组FFU，需要满布，底部需要加装高架地板以达到层流的送风模式。这种送风模式适合等级比较高的洁净室。如百级、十级等等。

而乱流送风模式，同样顶部铺设FFU，不需要满布，一般是在侧面设立回风柱、回风夹道，结合不同的换气次数，来达到千级、万级、十万级的洁净等级。

其次，模块化洁净室内，为了进一步提高洁净等级，达到局部的高度洁净化，可以使用层流罩、洁净工作台称量台等。这些设备可以单独使用，也可以组合成流水线使用。